Como executar o FreeSurfer no Windows com WSL2

FreeSurfer é um pacote de software de código aberto para processar e analisar imagens de ressonância magnética do cérebro (humano). Ele tem vários recursos, incluindo a remoção do crânio, segmentação subcortical e cortical, reconstrução da superfície cortical e muito mais.

FreeSurfer pipeline
Grossner et al. (2018). doi: 10.1037 / neu0000446.

Atualmente (versão 7.1.1), Freesurfer está disponível apenas para os sistemas operacionais Linux e Mac OS X. Você pode executar o FreeSurfer no Windows usando uma máquina virtual, mas isso pode tornar o processamento um pouco mais lento. Uma alternativa é usar o subsistema Windows para Linux (WSL). Aqui, mostrarei, com base na documentação oficial do FreeSurfer, as etapas para instalar o WSL e configurar o FreeSurfer (incluindo a execução da interface gráfica do usuário).

O que é WSL

O Windows Subsystem for Linux (WSL) permite que os desenvolvedores executem um ambiente GNU/Linux - incluindo a maioria das ferramentas de linha de comando, utilitários e aplicativos - diretamente no Windows, sem modificações, sem a sobrecarga de uma máquina virtual tradicional ou dual-boot para configurar. - Docs

Passos

1. Instale WSL2

Siga as etapas de 1 a 6 da documentação da Microsoft. Selecione a versão Ubuntu 18.04 LTS (etapa 6).

2. Instale um servidor X para abrir a interface gráfica do usuário (GUI)

Suporte completo para GUI no WSL estará disponível no futuro, provavelmente no próximo grande lançamento do Windows. Por enquanto devemos usar um servidor X para renderizar a GUI. Existem muitas opções, mas recomendo duas:

GWSL

GWSL é uma ferramenta gratuita e fácil de instalar para automatizar o processo de execução do X em cima do WSL. Você pode obtê-lo na Microsoft Store.

Xming

O servidor Xming é aquele descrito na documentação do FreeSurfer.

3. Obtenha uma chave de licença FreeSurfer

Registre-se para uma chave FreeSurfer. Totalmente grátis.

4. Instale o FreeSurfer

Agora, abra seu terminal Ubuntu instalado com WSL e siga as etapas de instalação do FreeSurfer ou use o script automatizado abaixo. Observe que o guia do FreeSurfer instala uma versão dev, então você provavelmente deve alterá-la para uma distribuição estável (como v7.1.1 para CentOS 7).

Script de instalação

O script baixará e instalará o FreeSurfer versão 7.1.1 lançado para CentOS 7. Ele também definirá as variáveis ​​de ambiente.

Faça o download e coloque o arquivo do script e o license.txt na mesma pasta e execute:

./install_freesurfer.sh

5. Teste!

Verifique se o seu servidor X está em execução, abra o terminal do Ubuntu e digite o comando freeview para ver se a GUI aparece.

Guilherme Bauer Negrini
Guilherme Bauer Negrini
Cientista de Dados Biomédicos | Desenvolvedor de Software Científico

Neurociência, bioinformática e ciência de dados biomédicos.

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